浙江省工業鍋爐爐窯煙氣污染控制工程技術研究中心組織上設立主任1名，副主任2名，主任統一負責工程技術研究中心各項工作，副主任協助主任管理工程技術研究中心工作。工程技術研究中心團隊按四個研究方向分成工業鍋爐爐窯煙氣脫硫及副產物回收研究小組、工業鍋爐爐窯煙氣脫硝及副產物回收研究小組、工業鍋爐爐窯煙氣脫汞及其他污染物治理研究小組和燃煤煙氣除塵研究小組，各小組設立組長負責本小組的管理工作。同時承擔單位將為工程技術研究中心聘請9名國內外知名專家組成工程技術研究中心的學術委員會，其中6名為外聘國內大氣污染控制領域的知名專家，學術委員會負責審議工程技術研究中心的研究方向、重大學術活動和工程技術研究中心年度科研計劃與總結。

中心運行管理上實行主任負責制，工程技術研究中心正、副主任和各小組組長組成管理委員會，進行中心的日常管理。

中心設辦公室負責日常事務；設財務部負責中心的各項財務工作；設公共儀器中心負責中心大型儀器設備的購置與維護；設技術推廣部負責科技成果的產業化和新技術的市場推廣。